注册农业合作社的流程如下：
需要确定农业合作社的名称，名称要符合法律规定，不得与已有的名称重复。
农业合作社可以采取有限责任公司、非公司制合作社和农民专业合作社等多种组织形式。
农业合作社的成员可以是自然人、法人或其他组织，需要确定成员的身份和数量，以及各自的权利和义务。
编制农业合作社章程，明确合作社的组织形式、名称、目的、业务范围、成员权利和义务、管理机构、决策程序、财务管理和分配等方面的内容。
向当地市场监督管理局申请注册登记，需要提交合作社章程、成员名册、组织结构等相关材料，经过审查合格后即可领取营业执照和税务登记证。
领取营业执照后，需要到银行开立农业合作社的基本账户和专用账户，用于资金收付和管理。
具有成员资格：农业合作社的成员必须是从事农业生产经营或者农村经济活动的自然人、法人或者其他组织。
具有合法的经济来源：农业合作社的成员必须具备合法的经济来源，不得从事违法犯罪活动。
具有资金基础：农业合作社必须具有一定的资金基础，成员应当缴纳一定的出资额，确保合作社的正常运转。
需要到当地的工商行政管理局进行登记，到公安局定制刻章。
到质监局办理组织机构代码证，税务局申领税务登记证。
到当地的银行办理开户和账号，到当地农经主管部门备案。
建议：
在注册农业合作社时，建议找专业的会计师事务所或律师事务所在前期准备和注册过程中提供指导和帮助，以确保流程顺利进行并符合法律法规要求。
