科三缺考的处理方法如下：

提前申请取消预约

如果考生因故不能参加考试，应提前一日申请取消预约。未按时参加考试会被判定为不合格，且会浪费一次预约考试的机会。

取消预约的方式可以是亲自到车管所办理，也可以在网上进行，但网上取消预约受理时间一般为3~5天，因此建议提前取消预约。

重新补考

科目三缺考后，考生可以在规定时间内重新报名并缴纳一定的补考费用，进行二次补考。补考应在10天后进行，且需要重新支付补考费用。

重新报名后，考生需要按照新的考试时间参加考试，并确保不再出现迟到等情况。

提供证明材料

如果因特殊原因（如因病、怀孕、出国等）无法参加考试，考生需要提供相关证明材料，并按规定提交，以便办理转考手续。

合理安排时间

考生在重新报名和补考前应好好计划时间，确保能够按时参加考试，避免再次缺考。

了解当地规定

不同地区对于科三缺考的处理规定可能会有所不同，建议考生及时与当地驾校或车管所联系，了解具体处理流程和规定。

总之，科三缺考会导致一次考试不合格，并浪费一次预约机会。考生应提前申请取消预约或重新补考，并合理安排时间，确保能够顺利通过考试。